Trong giai đoạn kháng chiến, tỉnh nào cũng thành lập Ủy ban Phật giáo Cứu quốc.

Giai đoạn này có nhiều tổ chức được chuyển đổi, thành lập, trong đó có 6 tổ chức lớn nhất tại ba miền, mỗi miền 1 tổ chức của Tăng sĩ, 1 tổ chức của Cư sĩ:

Tại miền Bắc:

• Năm 1949, Hội Phật giáo Bắc Kỳ đổi thành Hội Tăng Ni Chỉnh lý Bắc Việt do thiền sư Tố Liên làm Hội trưởng; đến năm 1950 đổi thành Hội Phật giáo Tăng già Bắc Việt và tôn thiền sư Thích Mật Ứng làm Thiền gia Pháp chủ, ra báo Phương tiện.
• Thành lập Hội Việt Nam Phật giáo tại chùa Quán Sứ, do cư sĩ Bùi Thiện Cơ làm hội trưởng.

Tại miền Trung:

• Sơn Môn Tăng già Trung Việt được thành lập tại chùa Thừa Thiên, do Hòa thượng Thích Tịnh Khiết làm Tùng lâm Pháp chủ.
• Hội An Nam Phật học đổi thành Hội Việt Nam Phật học do cư sĩ Lê Văn Định làm hội trưởng.

Tại miền Nam:

• Năm 1951, Giáo hội Tăng già Nam Việt được thành lập, trụ sở tại chùa Ấn Quang, do Hòa thượng Đạt Thanh làm Pháp chủ và Hòa thượng Đạt Từ làm Trị sự trưởng.
• Năm 1951, Hội Phật học Nam Việt được thành lập, Hội trưởng là cư sĩ Nguyễn Văn Khỏe, trụ sở đầu tiên tại chùa Khánh Hưng, sau xây chùa Xá Lợi làm trụ sở.

Ngoài ra còn một số tổ chức như: Phật học đường Báo Quốc do Hòa thượng Thích Trí Thủ đứng đầu; Phật học đường Nam Việt quy tụ của 4 Phật học đường lớn nhất khi đó.

Năm 1951, 6 tổ chức ba miền họp tại Huế thành lập Tổng hội Phật giáo Việt Nam là tổ chức thống nhất, do Hòa thượng Thích Tịnh Khiết làm Hội trưởng, chức Thượng Thủ và Giám luật luân chuyển giữa các miền. Đức Đệ nhất Thượng thủ là Hòa thượng Thích Tuệ Tạng ở miền Bắc. Tuy nhiên Tổng hội chỉ là một tổ chức hình thức, không có quyền điều hành kiểm soát. Mỗi hội vẫn hoạt động riêng biệt.

Bên ngoài Tổng hội Phật giáo Việt Nam vẫn còn những tổ chức Phật giáo khác hoạt động.